No período 1987 e 1988, Helder Queiroz Pinto Jr iniciou sua atividade profissional como Economista da Divisão de Estudos de Utilização de Energia Elétrica da Eletrobrás. Após doutorado, entre 1989 e 1993, na Universidade de Grenoble (França) se tornou pesquisador do Instituto de Economia e Política de Energia da Universidade de Grenoble (França), em 1993 e 1994.
Desde 1994 é membro do Grupo de Economia da Energia do Instituto de Economia da Universidade Federal do Rio de Janeiro (IE/UFRJ), onde é atualmente Professor Associado após aprovação em concurso público em 1997. Desde então coordenou vários estudos sobre os problemas de financiamento, formação de preços, estratégias empresariais e problemas de regulação patrocinados por entidades e/ou empresas como Ministério de Minas e Energia, ANEEL, ANP, BNDES, Petrobras, Eletrobrás, Empresa de Pesquisa Energética (EPE), IBP, BG, BP, VALE, CEPAL, UNCTAD/ONU, Agência Internacional de Energia, entre outras.
Possui diversas publicações em revistas acadêmicas no Brasil e no exterior, sendo um dos autores do livro Ensaios sobre Política Energética, da Editora Interciência, publicado em 2007. Entre 2008 e 2010, coordenou o estudo de infra-estrutura, no âmbito do projeto Perspectivas do Investimento do Brasil, patrocinado pelo BNDES, que resultou no livro publicação Perspectivas de Investimento em Infraestrutura no Brasil. Em 2012 publicou, com Professor Mauricio Tolmasquim, o livro intitulado Marcos Regulatórios da Indústria Mundial do Petróleo, pela editora Synergia. Em 2016, coordenou a revisão e atualização da segunda edição do livro Economia da Energia: fundamentos econômicos, evolução histórica e organização industrial, publicado pela Editora Elsevier.
Foi também Professor Visitante da Universidade de Oxford durante o ano de 2001, da Universidade de Paris XI no período fevereiro-março de 2004 e da Universidade Paris Dauphine (março 2009). Participou ainda como professor dos cursos de pós-graduação para profissionais em energia da Universidade de Sherbrooke-Montreal no Canadá (2003 a 2007). No período 2002-2003 foi Diretor de Pesquisa do IE/UFRJ. Entre 2003 e 2006 foi editor da Revista de Economia Contemporânea. Em 2010, foi designado Academic Chair da 33rd International Association of Energy Economists Conference, realizada no Rio de Janeiro em junho de 2010.
Além das atividades acadêmicas, foi, entre 1998 e 2000, foi consultor e assessor da Diretoria Geral da ANP. Entre 1999 e 2001 foi Membro do Comitê Executivo do Programa Alure (Bruxelas) de Cooperação Europa-América Latina no Setor de Energia da União Européia.
Entre 2011e 2015 exerceu o mandato de Diretor da Agência Nacional do Petróleo, Gás Natural e Biocombustíveis (ANP), sendo responsável pelas atividades de regulação das áreas de Biocombustíveis e Qualidade dos Combustíveis, Defesa da Concorrência, Comercialização e Movimentação de Gás Natural e Derivados, e de Promoção de Licitações. Ademais teve como responsabilidade a coordenação e organização dos leilões de blocos exploratórios de concessão e partilha (11ª e 12ª Rodadas e 1ª Rodada do Pré-sal). Durante o mesmo período (2011-2015) foi nomeado membro do Comitê de Monitoramento do Setor Elétrico (CMSE).